As empresas desenvolvedoras de sistemas de ponto não têm que se cadastrar, apenas devem fornecer, a seus clientes, o Atestado Técnico e Termo de Responsabilidade nos termos da Portaria 1.510/2009.

O reconhecimento das marcações como entrada ou saída ao serviço será feita no Programa de Tratamento de Registro de Ponto com base na ordem em que são registradas. O REP não valida horários disponíveis, por lei o relógio de ponto eletrônico deve aceitar todas as marcações de ponto.

Os intervalos não deduzidos da duração do trabalho não devem ser registrados no REP.

Esses casos devem ser atendidos pelo Programa de Tratamento e documentados no AFDT. Na situação de marcação incorreta, ou seja, quando o empregado marcar uma entrada ou saída sem ter realmente entrado ou saído do trabalho ou quando o fizer em duplicidade, esse registro deve ser sinalizado como marcação desconsiderada (‘D’) no campo 7 do AFDT e na justificativa a ocorrência deve ser explicada. Se houve falta de marcação de ponto, deve ser incluído no AFDT o correto horário de entrada ou saída do empregado, bem como a justificativa para a omissão da marcação, e o campo 9 dever ser informar que aquela marcação foi incluída (‘I’).

Pode utilizar o mesmo sistema, motivando adequadamente a inserção dos referidos registros.

O sistema permite mais de 4 marcações de ponto no mesmo dia, então daria para controlar, mas a portaria 671 determina que só sejam registradas marcações de ponto para controle de jornada, não sendo permitida marcação de controle interno.